Фамилия Емелин происходит от имени Емеля — народной, обиходной формы церковного имени Емельян. В основе лежит греческое слово со значением «льстивый» или, по другой версии, «приятный в слове, ласковый». Есть и латинское толкование: от слова, означающего «соперник» или «участник состязаний», но для русской почвы более органично первое, греческое прочтение.

По словообразовательной модели фамилия относится к самому массовому типу — патронимическому. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Емелин, то есть сын, потомок Емели. Такие фамилии в русском языке чаще всего образовывались от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я, поэтому Емелин стоит в одном ряду с Фединым, Савиным, Гришиным.

Географически фамилия не привязана к одной местности — она встречается по всей центральной России и в Поволжье. Это говорит о том, что имя Емельян было широко распространено среди крестьян и горожан, не будучи редким или сословно ограниченным.

Точное время возникновения фамилии назвать трудно: процесс закрепления родовых прозваний шёл с XV по XVII век, и у разных ветвей Емелиных он мог проходить в разное время. Ясно одно — предком был человек по имени Емеля, а не сам Емельян: именно уменьшительная, бытовая форма легла в основу фамилии, что типично для русского быта, где в семье и в деревне человека звали коротко и по-свойски.