Фамилия Эмениди — редкая для России и явно не славянская по происхождению. Её основа и окончание сразу указывают на греческие корни: типичный греческий суффикс -иди (в русской передаче часто -иди или -ди) означает «сын» или «потомок». По этой модели образованы многие фамилии греков Причерноморья и Кавказа: например, Иваниди, Христофоров — не исключение, хотя в данном случае основа неочевидна.

Корень «Эмен-» скорее всего восходит к греческому имени или прозвищу. Самая вероятная версия — от имени Эммануил (греч. Εμμανουήλ, «с нами Бог»), которое в разговорной речи могло сократиться до Эмен или Эмени. В таком случае Эмениди — «потомок Эммануила» или «сын Эмена». Менее распространённая гипотеза связывает фамилию с греческим словом «эменос» (добрый, приятный), но она слабее, так как личные имена — более частый источник фамилий на -иди.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически жили понтийские греки: побережье Чёрного моря (Турция, Грузия), а после переселений — Краснодарский край, Ростовская область, Ставрополье и Абхазия. В России фамилия встречается точечно, почти всегда у потомков греков, покинувших Османскую империю в XIX — начале XX века.

Обратите внимание на написание: в греческом оригинале фамилия могла выглядеть как Εμενίδης или Εμμανουηλίδης. В русских документах форма «Эмениди» закрепилась, потому что окончание -ίδης при адаптации потеряло «с» и превратилось в -иди. Это норма для греческих фамилий в русском языке (сравните: Павлиди, Ангелиди).

Сословная принадлежность предков-носителей фамилии не определяется однозначно: греки-понтийцы были и крестьянами, и ремесленниками, и торговцами. Сама фамилия не указывает на дворянство или духовенство — это типичная патронимическая фамилия, каких большинство у греков. Если искать однокоренные, то в России встречаются Эммануилов, Эменин, но все они восходят к тому же имени, только с разными суффиксами.