Фамилия Емерхонов — редкий пример, когда за русской морфологической формой стоит, скорее всего, тюркское или кавказское имя. Суффикс -ов указывает на русский способ оформления фамилии (обычно по модели «чей сын?»), но корень здесь явно не славянский. Основа «Емерхон» с высокой вероятностью восходит к мужскому личному имени, распространённому у народов, исповедующих ислам.

Вероятнее всего, в основе лежит имя Эмирхан (или Амирхан), которое в тюркских и кавказских языках означает «повелитель, князь» (эмир) в сочетании с «хан» — титулом верховного правителя. Фонетический переход «Эмир» в «Емер» объясним местными диалектами: в некоторых говорах (например, у кумыков, ногайцев или татар) начальный гласный мог редуцироваться или звучать как «е», а «р» в потоке речи иногда выпадала или заменялась. Так Эмирхан превращался в Емерхана, а затем в Емерхонова (с типичным русским окончанием). Встречается и написание Емирханов — это тот же корень, но с сохранением «и».

Другая, менее вероятная версия — связь с арабским именем Умар (Омар), которое через тюркское посредство могло дать форму «Емер». Но тогда логичнее ждать фамилию Емеров, а не Емерхонов. Приставка «-хан» как раз указывает на составное имя, где вторая часть — титул, а не просто окончание.

Географически фамилия Емерхонов тяготеет к регионам Северного Кавказа (Дагестан, Чечня, Ингушетия) и Поволжья (Татарстан, Башкортостан), а также встречается у казахов. В русских документах XIX — начала XX века такие фамилии часто фиксировались у татарских и горских мусульман, переходивших на оседлый образ жизни или поступавших на государственную службу. Носители могли быть из сословия узденей (у горцев) или служилых татар.

Социальный контекст фамилии типичен для «именных» фамилий: предок звался Емерханом, а его потомки стали Емерхоновыми. Никакого ремесла или прозвища за этим не стоит — только личное имя, которое когда-то дали человеку в честь знатного или уважаемого родственника.