Фамилия Емерхонова — женская форма фамилии Емерхонов, и её редкость сразу бросается в глаза. В русской ономастике суффикс «-ов» указывает на принадлежность: «чей?» — Емерхонов, то есть потомок человека по прозвищу или имени Емерхон. Однако корень «Емер-» не является ни славянским, ни привычным тюркским (как, например, «Темир» или «Ахмет»). Скорее всего, мы имеем дело с фамилией, образованной от личного имени, которое восходит к арабскому или персидскому «Амир» (повелитель, князь) через диалектное произношение. В некоторых тюркских языках, особенно в башкирском и татарском, звук «а» в начале слова мог редуцироваться или переходить в «е» под влиянием соседних звуков, а добавление «-хан» (владыка, правитель) давало составное имя типа «Амирхан». Со временем «Амирхан» в устной речи могло превратиться в «Емерхон» — так появилась основа.

Суффикс «-ов» в данном случае — типичный русский патронимический формант, который присоединяли к иноязычным основам при оформлении фамилий в XV–XIX веках. Это значит, что предок носительницы фамилии, скорее всего, был крещёным или принявшим православие человеком из тюркской среды (татары, башкиры, мишари), либо его фамилию записал русский писарь «на слух», адаптировав под привычную модель. В пользу этого говорит и то, что фамилия практически не встречается в центральных русских регионах, но может быть локализована в Поволжье, на Урале или в Западной Сибири — зонах активного смешения славянского и тюркского населения.

Другая, менее вероятная версия — связь с тюркским словом «емер» (жизнь, век) в значении «долгожитель». Но в этом случае форма «Емерхон» выглядит искусственной: обычно такие прозвища не соединяли с титулом «хан». Поэтому версия с именем Амирхан — основная. Социальный статус предка мог быть разным: от рядового служилого татарина до крестьянина, но само наличие фамилии на «-ов» к концу XIX века уже не было привилегией дворянства — её носили и бывшие государственные крестьяне, и однодворцы.

Если искать однокоренные параллели, то фамилии Емеров, Емеровский или Емерханова — того же корня, но с разными суффиксами. Встречаемость Емерхоновых в современных базах данных крайне низкая, что подтверждает: это не массовая фамилия, а локальная, возможно, восходящая к одному конкретному роду. Для точной привязки к местности нужны архивные записи, но логичнее всего искать корни в южном Предуралье или в бывшей Казанской губернии.