Фамилия Емеськина — женская форма от Емеськин, а та, в свою очередь, образована от мужского имени или прозвища Емеська. Это уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Емельян (церковное Емилиан, от латинского «соперник» или греческого «ласковый»). Модель типична для русских фамилий центральных и северных регионов: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Емеськин буквально означает «сын или потомок Емеськи».

Основа Емесь- — нестандартный вариант. Чаще от имени Емельян образовывали фамилии Емельянов, Емелькин, Емелин. Форма Емеська встречается реже и могла возникнуть в говорах, где звук «ль» смягчался до «сь» (так называемое цоканье или шепелявенье), или же это самостоятельное прозвище, не связанное напрямую с полной формой имени. Вторая версия: в основе лежит диалектное слово «емесь» — так в некоторых областях называли ленивого, медлительного человека или, напротив, того, кто много ест (от «есть»). Если так, то прозвище Емеська дали по характеру или привычке, а фамилия пошла уже от него.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку европейской части России: Вологодская, Кировская области, Пермский край. Встречается также в Мордовии и Татарстане, что может объясняться переселениями в XIX веке. В документах XVI–XVII веков подобных форм почти нет — фамилия, скорее всего, оформилась поздно, в XVIII–XIX веках, когда крестьянам массово присваивали фамилии по именам отцов.

Однокоренные фамилии — Емеськин, Емеськов, Емесин. Первая — самая частая, остальные — редкие варианты, возникшие из-за ошибок писцов или местного произношения. Сословно фамилия почти наверняка крестьянская: дворяне с таким окончанием (-ин) тоже бывали, но от основы Емесь — нет.