Фамилия Емеськин — редкий случай, когда суффикс -кин указывает не на принадлежность жене, а на прямую связь с личным именем. Вопреки распространённому мнению, -ин в русских фамилиях не всегда «женский»: он присоединяется к основам на -а/-я (Петин, Федин). Но у Емеськина финаль -я/а в основе отсутствует, зато есть суффикс -к-, который меняет картину.

В основе лежит имя Емеська — уменьшительно-ласкательная форма от Емельян (каноническое Емилиан). Такие формы с суффиксом -к- в XVI–XVII веках были нормой в крестьянской и посадской среде: Емелька, Емеська. Далее фамилия строилась по модели «чей сын?» — Емеськин, то есть «сын Емеськи». Аналоги: Васькин, Федькин, Петькин. Суффикс -ин здесь работает стандартно, присоединяясь к основе на -а: Емеськ-а → Емеськ-ин.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России. В переписях XVII века встречаются крестьяне с именем Емеська в Рязанском и Тамбовском уездах. Позднее носители фиксируются в Курской, Воронежской и Саратовской губерниях — регионах, куда шла активная миграция черносошных крестьян.

Морфологическая редкость здесь в том, что -ск- в фамилии — часть основы (Емеська), а не типичный суффикс -ский, указывающий на географическое происхождение. Ошибочно было бы искать в Емеськине польские или украинские корни: это чисто русская модель «от имени с суффиксом -к-». В отличие от фамилий на -ский (Земский, Донской), которые часто принадлежали дворянам или духовенству, Емеськин — фамилия крестьянская, возникшая в среде, где отчество в быту заменяли прозвищем по отцу.

Таким образом, предок носителя фамилии — скорее всего, крестьянин по имени Емельян, которого в деревне звали Емеська, а его детей записывали как Емеськины. Фамилия не получила широкого распространения, что делает её своеобразным маркером узкого локального рода.