Фамилия Емелькин — из числа тех, что напрямую указывают на имя предка. В основе лежит не полное церковное имя Емилиан, а его обиходная, разговорная форма — Емелька. Так в быту называли человека, которого в церковных книгах записывали Емельяном. Само имя Емилиан имеет два толкования: с греческого его переводят как «льстивый» или «ласковый», а с латыни — «соперник» или «участник состязаний». Какая из версий вернее, сказать трудно, но в народе имя закрепилось именно в форме Емельян и его производных.

Фамилия образована по типичной восточнославянской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывал на принадлежность: Емелькин — значит «сын Емельки» или «человек из семьи Емельки». Такая модель была особенно распространена в северных и центральных губерниях России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на -ов. Поэтому можно предположить, что корни рода Емелькиных лежат именно в этих регионах.

Судя по характеру имени-основы, предок Емелькиных был простого звания. В крестьянской и рабочей среде полные имена в повседневном общении заменяли краткими формами — так было проще и быстрее. Емелька — не прозвище, а именно уменьшительное от Емельян, и оно не несло никакой дополнительной характеристики человека, кроме указания на его имя. Со временем эта форма закрепилась за детьми и внуками, превратившись в родовое прозвание.

Интересно, что фамилия Емелькин не единственная среди однокоренных. От того же имени образованы Емельянов, Емельянцев, Емелькин, а также более редкие Емельчиков и Емельцев. Разница в суффиксах говорит о том, что фамилии складывались в разное время и в разных местностях, но объединяет их одно — все они ведут родословную от человека по имени Емельян.