Основой фамилии Емелькин послужило церковное имя Емилиан. Фамилия Емелькин образована от производной формы церковного мужского имени Емельян - Емелька. Это имя переводится с греческого как «льстивый» (по другой версии, от латинского «соперник, участник соревнований»). Скорее всего, основатель рода Емилькиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Емелька, со временем получил фамилию Емелькин.