Фамилия Емельшин образована от имени Емельша — просторечной, обиходной формы канонического крестильного имени Емельян. В основе лежит греческое «Аймилианос» — «ласковый», «приветливый», но в русской традиции это имя давно воспринималось как своё, родное, и давало десятки производных форм: Емеля, Емелька, Емельяша, Емельша. Последняя — Емельша — встречается реже, поэтому и фамилия Емельшин не столь распространена, как, скажем, Емельянов или Емелин.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Емельшин буквально означало «чей?» — «сын Емельши». В XV–XVII веках, когда фамилии только закреплялись, такая модель была типична для прозвищ и имён, оканчивающихся на -а или -я. Емельшин, таким образом, стоит в одном ряду с фамилиями вроде Гавришин, Мишин, Саввин — все они построены по одному принципу от кратких форм крестильных имён.

Географически фамилия тяготеет к центральным и поволжским регионам России. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне и посадские люди с именем Емельша, особенно в Нижегородском и Муромском уездах. Позднее носители фамилии расселились по Среднему Поволжью — в Самарской, Симбирской, Казанской губерниях. Встречается Емельшин и на Урале, куда переселенцы принесли её в XVIII–XIX веках.

Интересная деталь: в некоторых говорах форма Емельша могла быть не просто уменьшительной, а прозвищной, с оттенком «простофиля» или «разгильдяй» — от глагола «емелить» (говорить ерунду, болтать попусту). Но это вторичное значение, скорее всего, возникло уже после того, как имя стало самостоятельным прозвищем, и не отменяет основной связи с крестильным Емельяном.

Редкий суффикс -ш- в основе (Емельша вместо более привычного Емеля) делает фамилию отличительной: носитель Емельшин почти наверняка происходит из семьи, где предка звали именно так, а не иначе. Это не «испорченное» Емельянов, а самостоятельная ветвь того же именного дерева.