Фамилия Емелькины отталкивается от имени, а не от прозвища или ремесла. В её основе лежит просторечная форма Емелька, которую в быту использовали вместо полного церковного имени Емилиан (в русском звучании — Емельян). Имя это пришло из греческого, где означало «льстивый», хотя есть и версия, возводящая его к латинскому слову со значением «соперник» или «участник состязаний».

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Емелькины — буквально «чьи?» — люди из семьи Емельки. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. То есть первоначально Емелькиными называли детей, жену или домочадцев человека по имени Емелька.

Скорее всего, первые носители фамилии были выходцами из крестьянской или рабочей среды: именно в этих сословиях уменьшительные формы имён (Емелька, Петька, Васька) закреплялись в качестве фамилий чаще, чем у дворянства, которое предпочитало полные варианты. Точное место возникновения фамилии установить сложно, но география её бытования широка — от центральных областей России до Поволжья и Урала, что говорит о давнем и массовом распространении имени Емельян в народе.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Емелькины стоят в одном ряду с Емельяновыми, Емельянцевыми и Емелькиными. Разница лишь в суффиксе: -ов и -ин чередуются в зависимости от окончания исходного имени. Емелькины — более «короткая» и обиходная форма, чем, скажем, Емельяновы, что лишний раз подтверждает: фамилия пошла не от полного календарного имени, а от его разговорного варианта.