Фамилия Емелькина образована от имени Емелька — народной, обиходной формы крестильного имени Емельян. В свою очередь, Емельян восходит к древнегреческому имени Аймилианос, что означает «льстивый», или к латинскому слову aemulus — «соперник, участник соревнований». Церковная форма имени — Емилиан, но в русской бытовой среде прижился именно вариант Емельян с мягким «н» на конце.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Емелькина буквально значит «дочь или жена Емельки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Мужской вариант — Емелькин — строится по тому же принципу.

Скорее всего, основатель рода Емелькиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. В документах XVII–XVIII веков имя Емелька встречается преимущественно среди посадских людей, крестьян и казаков. Это не аристократическая фамилия: её носители не принадлежали к дворянству, а происходили из тех сословий, где детей называли просто и без затей — по святцам, но в просторечной огласовке.

Любопытно, что фамилия Емелькина не единственная в этом гнезде. Однокоренные — Емельянов, Емельянчиков, Емелькин — расходятся по разным суффиксальным моделям. Емелькина выделяется именно уменьшительным суффиксом -к-, который придаёт имени бытовой, даже ласкательный оттенок. Такая форма была особенно распространена в северорусских и поволжских говорах, где «Емелька» звучало естественнее, чем полное «Емельян».

Таким образом, потомок человека по имени Емелька со временем получил фамилию Емелькина. В ней нет ни тюркских, ни финно-угорских корней — это чисто русская фамилия, основанная на православном имени, переработанном народной речью.