Фамилия Эмирханова образована от мужского имени Эмирхан, которое, в свою очередь, состоит из двух тюркских компонентов: «эмир» (военачальник, правитель) и «хан» (титул верховного правителя). Таким образом, имя-основа означает «правитель-хан» или «князь-повелитель». Это составное имя — характерная черта тюрко-мусульманской ономастики, где два титула или сакральных понятия соединяли, чтобы усилить значение. Носитель такого имени, по замыслу родителей, должен был обладать властью и достоинством.

Фамилия оформлена русским суффиксом -ов, адаптированным к женскому роду окончанием -а. Мужской вариант — Эмирханов. Модель образования типична для фамилий народов Кавказа и Поволжья, попавших в орбиту Российской империи: местное имя брали за основу и русифицировали, добавляя патронимический суффикс. В данном случае это указывает на то, что предок носителя фамилии был сыном некоего Эмирхана.

Географически фамилия Эмирханова чаще всего встречается у кумыков, аварцев, а также у татар и башкир. У кумыков, например, имя Эмирхан исторически было распространено среди знати и военных предводителей. Встречаются и варианты написания без смягчения — Эмирханова, что связано с особенностями произношения в разных диалектах. В русских метрических книгах XIX века фамилия могла записываться через «е» или «э», в зависимости от грамотности писаря, но корень оставался неизменным.

С точки зрения социальной истории, фамилия Эмирханова не обязательно указывает на прямое происхождение от князей или ханов. В народной среде такие «титульные» имена давали как пожелание, а не как констатацию статуса. Однако в среде кумыкской аристократии — у биев и князей — фамилия действительно могла закрепиться за родом, ведущим начало от реального правителя. Различить эти случаи без генеалогического исследования сложно, но сама основа фамилии говорит о высоком запросе на статус в имени предка.