Фамилия Емкужевы образована от личного имени Емкуж. В основе имени — два тюркских слова: «өмә» (помощь, совместный труд) и «куш» (птица, сокол). Такое составное имя могло нести пожелание, чтобы сокол — сильная и зоркая птица — покровительствовал мальчику. Подобные представления, когда предки верили в связь человека с животным-покровителем, встречаются у многих кавказских и тюркских народов.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединили к основе Емкуж. Суффикс указывает на принадлежность: Емкужев — сын или потомок Емкужа. Такая схема типична для фамилий, которые появились у народов Северного Кавказа в XIX–XX веках при оформлении документов на русском языке.

Имя Емкуж сегодня почти не встречается как самостоятельное, но сохранилось в фамилии. В кабардинском и черкесском ономастиконе есть и другие фамилии с элементом «куж» (сокол, птица), что подтверждает распространённость зооморфных образов в именах. Фамилия Емкужевы — пример того, как древние верования и язык тюркских соседей отразились в кавказской культуре и закрепились в фамильном прозвании.