Фамилия Емлютин — довольно редкая, и её происхождение напрямую связано с просторечной формой крестильного имени. В основе лежит имя Емельян (церковная форма — Емилиан, от греческого «аймилиос» — ласковый, приветливый). В народе это имя звучало как Емлюта или Емля — через «мягкое» произношение, свойственное северным и центральным говорам. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Емлютин буквально означает «сын Емлюты» или «человек из семьи Емлюты».

Интересная деталь: в отличие от более частых фамилий Емельянов, Емельянцев или Емелин, форма Емлютин сохранила именно разговорный, «домашний» вариант имени. Это говорит о том, что предок носителя фамилии в быту звался не официальным Емельян, а уменьшительным Емлюта — такое имя могли дать младшему сыну или человеку невысокого социального статуса, где фамилия закрепилась по прозвищу, а не по полному имени.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям — встречается в архивных записях Воронежской, Тамбовской и Рязанской губерний. В XVIII–XIX веках Емлютины были преимущественно крестьянами и однодворцами — потомками служилых людей, охранявших южные рубежи. Однодворцы часто имели фамилии, образованные от неканонических форм имён, что подтверждает версию о бытовом происхождении.

С точки зрения словообразования, суффикс -ин здесь не случаен: он характерен для фамилий, образованных от слов мужского рода с окончанием на -а/-я (Емлюта → Емлютин). Если бы основа звучала как Емлюта с ударением на последний слог, то фамилия могла бы писаться через -ов (Емлютов), но в русской ономастике закрепился именно вариант на -ин, что типично для прозвищной модели.

Встречается также версия, что фамилия могла произойти от прозвища Емлюта, связанного с глаголом «емлить» (устаревшее — брать, хватать). Однако это менее вероятно: глагол редок, а имя Емельян было широко распространено, поэтому связь с ним остаётся основной.