Фамилия Емлютина образована от мужского прозвища или неканонического имени Емлюта. В её основе лежит глагол «ять» (взять, хватать) или его диалектные формы. Корень «ем-» (от древнерусского «имати» — брать, ловить) часто встречается в прозвищах: Емля, Емец, Емлюта. Суффикс -ут-/-ют- в русской антропонимии придаёт слову оттенок носителя действия или свойства: «емлюта» — тот, кто берёт, хватает, ловит. Скорее всего, так прозвали человека проворного, цепкого, умеющего «ухватить» удачу, или же сборщика податей, ловчего.

Фамилия принадлежит к патронимическому типу на -ин, характерному для северных и центральных областей России. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Емлютин, то есть сын Емлюты. В отличие от более южных фамилий на -ов/-ев, -ин чаще встречался в новгородских и владимирских землях, а также в Сибири, куда переселенцы несли северный говор.

Спорных версий у фамилии немного. Иногда её ошибочно связывают с глаголом «млеть» (замирать) — но корень «емл-» в древнерусском языке устойчив и не смешивается с «мл-». Вариант «Емлютин» мог возникнуть и как отчество от имени Емельян (через форму Емлюта), но это менее вероятно: в памятниках письменности имя Емлюта фиксируется как самостоятельное прозвище, а не сокращение от календарного имени.

Среди носителей фамилии известен Герой Советского Союза Дмитрий Емлютин (партизанский командир), но в целом фамилия редкая. Её географическая привязка — преимущественно Брянская, Орловская и Курская области, что совпадает с ареалом бытования прозвищ от глагола «ять» в значении «ловить, хватать».