Фамилия Емохонов — редкая и с трудом поддающаяся однозначному толкованию. Её основа, суффикс и ареал бытования указывают на несколько возможных, но неочевидных путей происхождения. Главная загадка — корень «Емох-», который не встречается в списках древнерусских нецерковных имён и прозвищ.

Самый прямой путь — через разговорную форму крестильного имени. Емохон — это, скорее всего, искажённое, народное произношение канонического имени Иоаким (в русской традиции — Яким, Аким). В диалектах «акающих» областей, а также под влиянием мягкого «ё» в начале, имя могло трансформироваться в «Ёким» → «Емоха» → «Емохон». Суффикс «-он» (как в Гаврила — Гаврихон, Михайла — Михон) — характерная черта прозвищного словообразования в северных и сибирских говорах. Таким образом, Емохонов — «сын Емохона», то есть потомок человека по имени Аким (Иоаким).

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая, — тюркская. Форма «Емохон» может восходить к тюркскому слову «еме» (род, племя) или «ём» (корм, пища) с аффиксом принадлежности. Однако для фамилий из тюркской среды типичен суффикс «-ов», а не «-он», и в таком случае фамилия должна была бы выглядеть как Емеев или Емов. Поэтому версия с крестильным именем выглядит убедительнее.

Географически фамилия привязана к Центральной России и Поволжью. Встречается в единичных записях в Нижегородской, Костромской и Кировской областях. Это регионы, где исторически была высока плотность старообрядческого населения, которое часто сохраняло архаичные прозвищные формы имён. Если предки носителя фамилии были староверами, то форма «Емохон» могла закрепиться как семейное прозвище ещё в XVII–XVIII веках.

Словообразовательная модель — суффикс «-ов» притяжательного падежа, присоединённый к основе «Емохон». Такая конструкция однозначно указывает на то, что фамилия образована от личного прозвища или имени отца, а не от названия профессии или места. В отличие от фамилий на «-ин», которые образуются от основ на -а/-я, здесь основа на твёрдый согласный, что типично для мужских имён и прозвищ.