Фамилия Емяков образована от личного именования Емяк. Чаще всего его связывают с тюркским корнем: исходное слово могло означать «ласковый» (от «иемек», «имак») или «забота, попечение» (от «емек»). Впрочем, есть и вторая версия: Емяк — это местная, диалектная форма мусульманского имени Имакай, которое, в свою очередь, восходит к сложносоставному имени Иманкул. Первая часть этого имени — древнетюркское «иман» («вера в Аллаха»), вторая — «кул» («раб божий; товарищ, спутник; работник, хлебопашец, воин»). Один из вариантов перевода такого имени — «вера раба». Как бы то ни было, потомка человека по имени или прозвищу Емяк стали называть Емяковым.

Сама фамилия построена по простой и распространённой модели: к основе на согласный добавили суффикс принадлежности -ов. Такая схема типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, и указывает на прямого родоначальника — «сын Емяка». В отличие, например, от фамилий на -ин, которые обычно образуются от основ на -а/-я, модель на -ов здесь закономерна.

Исторически фамилия Емяков не относится к числу самых частых, но её корни уходят в среду, где смешивались тюркские и славянские антропонимические традиции. Встречается она преимущественно в Поволжье и на Урале — регионах, где столетиями жили рядом русские и тюркоязычные народы. Первые письменные упоминания фамилии, судя по доступным источникам, относятся к XVI–XVII векам. Например, в документах по Казанскому краю упоминаются служилые люди и крестьяне Емяковы — это указывает на то, что носители фамилии не принадлежали к какому-то одному сословию. Таким образом, фамилия Емяков — это не просто семейное имя, а отражение давних культурных контактов, в которых личное прозвище или имя со временем закрепилось за целым родом.