Фамилия Емжина — женская форма фамилии Емжин, и её происхождение уводит нас в мир старых русских прозвищ, связанных с ремёслами и бытом. В основе, скорее всего, лежит слово «ёмжа» — так в некоторых северных и сибирских говорах называли рыбацкую лодку-долблёнку, выдолбленную из цельного ствола дерева. Человек, который делал такие лодки или ходил на них за рыбой, мог получить прозвище Ёмжа или Емжа. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Емжин, то есть сын или потомок Емжи.

Возможна и вторая версия, хотя она менее вероятна. В диалектах слово «ёмжа» или «емжа» могло означать скупого, жадного человека, а также неряху. Но связь с лодкой выглядит более конкретной и типичной для прозвищ, которые давали по занятию. Фамилия редкая, и её географическое ядро, вероятно, связано с северными регионами России — Архангельской, Вологодской областями, где лодки-долблёнки были в ходу до недавнего времени.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на первый слог — Емжина, хотя в разговорной речи могло сместиться. Фамилия недворянская, крестьянская или посадская: такие образования на -ин типичны для простонародья и фиксировались в переписных книгах с XVII века. Поскольку фамилия женская, её носительница — потомок того самого Емжи, мастера или рыбака, чьё прозвище закрепилось за родом.