Фамилия Емшина — женская форма, а мужской вариант — Емшин. Основа у них одна, и разбирать её стоит в мужском роде, как это принято в русской ономастике.

Самая вероятная версия происхождения — от прозвища или нецерковного имени Емша. В русских диалектах, особенно северных и уральских, «емша» или «ёмша» — это растение, можжевельник. Ветки можжевельника в крестьянском быту использовали для окуривания изб, заготовки веников, а ягоды — как пряность и лекарство. Человека, который собирал можжевельник, торговал им или жил в местности, где его было много, могли прозвать Емшой. Прозвища по растениям — распространённая практика, они давались по роду занятий, месту жительства или внешней особенности.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Емшин буквально означает «сын Емши» или «из семьи Емши». Такая модель типична для фамилий, образованных от слов мужского рода с окончанием на -а или -я: Емша → Емшин, как Кузьма → Кузьмин, Фома → Фомин.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь со словом «емшить» — в некоторых говорах так называли процесс еды, «емшить» означало «есть, уплетать». Тогда прозвище Емша могли дать любителю плотно поесть, обжоре. Но такое толкование встречается реже, и лингвисты чаще склоняются к «растительному» корню, поскольку он лучше документирован в говорах и топонимике.

Фамилия Емшина не относится к числу широко распространённых. Она встречается преимущественно в центральных и северных областях России — в Вологодской, Кировской, Ярославской, а также на Урале. Это косвенно подтверждает связь с можжевельником: именно в этих регионах он традиционно рос и использовался в хозяйстве.

Встречаются и однокоренные фамилии: Емшов, Емшанов, Емшинский. Все они восходят к той же основе, но различаются суффиксами, что указывает на разные региональные или временные варианты оформления прозвища в фамилию.