Фамилия Екшина — женская форма фамилии Екшин, а та, в свою очередь, образована от имени или прозвища Екша. Самое простое и прямое объяснение: Екша — это производная форма от крестильного имени Иаков (церковное Иаков, в быту — Яков). В русских говорах имя «перекраивали» по-своему: Якуш, Якша, Яшка. А Екша — это тот же корень, только с начальным «е» вместо «я». Такая замена — не редкость в диалектах, где «яканье» переходило в «еканье». Так Яков через цепочку Якша — Екша дал начало фамилии.

Менее вероятная, но возможная версия связывает Екшу с глаголом «ектать» — в некоторых говорах это означало «икать» или «заикаться». Прозвище Екша могли дать человеку с такой речевой особенностью. Однако эта версия слабее: фамилии от физических недостатков обычно образовывались от более понятных основ (Заика, Гугнявый), а «ектать» — слово редкое и локальное.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Екшин — «сын Екши», «из рода Екши». Это типичная модель русских фамилий от прозвищ и уменьшительных имён, оканчивающихся на -а/-я. По географии фамилия встречается рассеянно, без чёткого гнезда, что говорит о её сравнительной редкости и, вероятно, недворянском происхождении. Носители Екшины — скорее всего, потомки крестьян или посадских людей из центральной России или Поволжья, где «екающие» говоры были распространены.

Таким образом, в большинстве случаев Екшина — это «Яковлева» в неожиданном, диалектном обличье.