Фамилия Ёкшины — редкий случай, когда написание с буквой «ё» принципиально, а не факультативно. Если бы фамилия писалась через «е» — Екшины — её спутали бы с однокоренной, но географически иной группой. «Ё» сразу выдаёт северное или уральское происхождение: в говорах, где «ёкают», слово «ёкша» означало не то же, что в литературном языке.

В основе фамилии лежит прозвище Ёкша. В диалектах русского Севера и Урала «ёкша» — это ёрш, колючая речная рыба. Прозвище могли дать человеку с колючим, неуживчивым характером или за внешнее сходство: торчащие волосы, маленький рост. Суффикс -ин в фамилии Ёкшины стандартен для русского языка: он образует притяжательные фамилии от слов мужского рода на -а, отвечая на вопрос «чей?» — сын Ёкши, то есть потомок человека с таким прозвищем. Фамилия встаёт в один ряд с массовыми Ёршов, Окунев, Щукин, но с региональным оттенком.

Есть и другая, менее очевидная версия: в некоторых северных говорах «ёкша» — вариант слова «ёкот», то есть икота, или нечто, связанное со звукоподражанием («ёкнуть»). Тогда прозвище могло закрепиться за человеком, который икал, заикался или говорил отрывисто. Однако первая версия — рыбная — встречается в ономастической литературе чаще.

Географически Ёкшины — фамилия нераспространённая. Её находят в Вологодской, Архангельской областях, в Пермском крае и в Республике Коми. Предки носителей жили в зоне северорусских говоров, где слово «ёкша» было в ходу. В центральных и южных областях России фамилия практически не встречается — там её вытеснили однокоренные варианты с «е». Сословно Ёкшины, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми: прозвища по названиям рыб и животных — типично простонародные, без дворянского оттенка. В дореволюционных списках фамилия не фигурирует среди известных дворянских родов, что подтверждает её демократическое происхождение.