Фамилия Ёкшины — редкий случай, когда написание с буквой «ё» не факультативно, а принципиально. Если бы фамилия писалась через «е» — Екшины — её можно было бы спутать с однокоренной, но географически иной группой. А «ё» сразу указывает на северное или уральское происхождение: в говорах, где «ёкают», слово «ёкша» означало нечто иное, чем в литературном языке.

В основе фамилии лежит прозвище Ёкша. В диалектах русского Севера и Урала «ёкша» — это ёрш, колючая речная рыба. Прозвище могли дать человеку с колючим, неуживчивым характером или, наоборот, за внешнее сходство — например, за торчащие волосы или маленький рост. Суффикс -ин в фамилии Ёкшины стандартен для русского языка: он образует притяжательные фамилии от слов мужского рода на -а, отвечая на вопрос «чей?» — сын Ёкши, то есть потомок человека с таким прозвищем.

Есть и другая, менее очевидная версия: в некоторых северных говорах «ёкша» — это вариант слова «ёкот», то есть икота, или вообще нечто, связанное со звукоподражанием («ёкнуть»). В этом случае прозвище могло закрепиться за человеком, который икал, заикался или говорил отрывисто. Но первая версия — рыбная — встречается в ономастической литературе чаще: фамилии типа Ёршов, Окунев, Щукин — массовые, и Ёкшин встаёт в тот же ряд, хоть и с региональным оттенком.

Географически Ёкшины — фамилия нераспространённая. Её можно встретить в Вологодской, Архангельской областях, в Пермском крае и в Республике Коми. Это говорит о том, что предки носителей фамилии жили в зоне северорусских говоров, где слово «ёкша» было в ходу. В центральных и южных областях России фамилия практически не встречается — там её вытеснили однокоренные варианты с «е».

Сословно Ёкшины, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Прозвища по названиям рыб и животных — типично простонародные: они не несли дворянского оттенка и не образовывали аристократических фамилий. В дореволюционных списках фамилия не фигурирует среди известных дворянских родов, что подтверждает её демократическое происхождение.