Фамилия Ексина образована по самой распространённой в русской ономастике модели — с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность. Буквально Ексина — это «дочь (или жена) Ексы». Основа здесь — прозвище или нецерковное имя Екса. Что оно могло означать — вопрос, на который нет однозначного ответа, но есть несколько правдоподобных версий.

Первая и самая прямая: Екса — это фонетический вариант слова «якса» или «екса», которое в русских говорах означало «деньги» или «плата». В некоторых диалектах «яксой» называли мелкую монету. Тогда Ексой могли прозвать человека, имевшего отношение к деньгам: сборщика податей, менялу, прижимистого или, наоборот, богатого крестьянина. Прозвища по денежным признакам в крестьянской среде встречались нередко — вспомним фамилии Грошов, Алтынов, Денежкин.

Вторая версия отсылает к имени собственному. В старых русских документах встречается имя Екса как уменьшительная форма от полного церковного имени. Например, от Евсевий (в быту — Евсей, отсюда уменьшительное Екса) или от редкого имени Ексакустодиан (греческое «хранимый»). Правда, такие длинные имена давали в монашестве, а в крестьянской среде они были редкостью. Правдоподобнее считать Ексу сокращением от Евсея — обычная практика для русского быта: Евсей → Еся → Екса.

Интересно, что фамилия Ексина (и мужской вариант Ексин) встречается в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Ярославской губерниях. Это косвенно подтверждает версию с диалектным словом «екса», так как именно в северных говорах слово «якса» (деньги) было в ходу. Фамилия не относится к дворянским — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в XV–XVII веках, когда у простых людей появились наследственные прозвания.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Ексин стоит в одном ряду с Ексовым, Ексовским, Ексиным. Но именно форма с суффиксом -ин — самая архаичная, она указывает на прямое родство: «чей сын?» — «Ексин». В современном написании фамилия почти всегда сохраняет букву «ё» под ударением (Ексина), хотя в дореволюционных документах могли писать и «Яксина».