Фамилия Еккина — это женский вариант фамилии Еккин. Принадлежность к роду здесь передана через типичный русский суффикс -ин, который указывает на принадлежность: «дочь или жена Екки». В основе лежит мужское прозвище или имя Екка.

Самая вероятная версия происхождения — от канонического имени Евсевий (в переводе с греческого «благочестивый»). В народной речи это имя могло сокращаться до Екка через просторечную форму Ексей или Екша (ср. с уменьшительными формами вроде Сева — Севка, Евсей — Евка). Фонетическое упрощение «вс» в «к» — распространенное явление в русской диалектной фонетике. Таким образом, Екка — это ласкательное или обиходное прозвище человека по имени Евсевий.

Менее вероятна, но тоже возможна связь с карельским или финским именем Екка (фин. Jekka, вариант от Johannes — Иван). В этом случае фамилия могла закрепиться на северо-западе России, в районах, граничащих с Карелией. Однако русская модель фамилии с суффиксом -ин указывает скорее на адаптацию инородного имени в русской среде.

Встречаемость фамилии Еккина крайне низкая. Она не входит в списки распространенных русских фамилий и встречается точечно, преимущественно в центральных и северных областях России. Редкость фамилии говорит о том, что прозвище Екка могло быть локальным, не выходящим за пределы одной деревни или волости.

С точки зрения социального происхождения, фамилия Еккина, скорее всего, крестьянская или мещанская. В дворянской среде такие «простые» формы с уменьшительным суффиксом не были приняты. Предки носителей этой фамилии, вероятно, были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по имени или прозвищу своего предка — Екки.