Фамилия Ена короткая, но с непростой судьбой. Её происхождение чаще всего связывают с казачьей средой, где в силу исторических обстоятельств люди нередко скрывали своё крестильное имя и происхождение, используя прозвища. В основе фамилии лежит прозвище Ена, которое, скорее всего, образовано от глагола «енаць» — в переводе с украинского или южнорусских говоров «стонать», «охать», «ныть». Такое прозвище могли дать человеку капризному, плаксивому или, наоборот, тому, кто постоянно жаловался на жизнь. В быту прозвище часто отражало заметную черту характера или поведения, поэтому версия с «енаць» выглядит наиболее правдоподобной.

Существует и другая, менее убедительная гипотеза — о связи с немецким топонимом Йена (Jena). Это город в Тюрингии, на берегах реки Заале. Согласно этой версии, основатель рода Ена мог быть выходцем из этого города. Однако против такого объяснения говорит несколько фактов. Во-первых, немецкое Jena пишется и произносится иначе, чем русская фамилия. Во-вторых, массового переселения жителей Йены в русские земли, которое оставило бы заметный след в фамилиях, не было. Скорее всего, это случайное совпадение звучания, а не реальный источник фамилии.

Сама фамилия образована без типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский), что характерно для прозвищ, закрепившихся в неизменной форме. По сути, Ена — это и есть исходное прозвище, ставшее фамилией. Такая модель встречается в южнорусских и украинских регионах, особенно среди казачества, где фамилии нередко фиксировались в «голом» виде, без притяжательных окончаний. Поэтому предки современных Ена с высокой вероятностью были выходцами из казачьих областей — Запорожья, Дона, Кубани. Род их занятий, скорее всего, был связан с военной службой или земледелием, а сама фамилия — это не указание на ремесло, а меткое прозвище, данное по характеру.