Фамилия Енаев ставит перед исследователем непростой выбор: она может происходить как из тюркских языков, так и из греческого именника. Оба пути исторически оправданы, но ведут к разным корням.

Самый вероятный источник — тюркское имя Енай. В башкирском, татарском и казахском языках «Енай» (иногда в форме «Янай») означает «новый месяц» или «молодая луна». Имя давали мальчикам, родившимся в новолуние, вкладывая в него пожелание светлой судьбы. Фамилия образовалась по русской модели: к основе Енай добавили патронимический суффикс -ев, который в XVI–XVII веках закрепился за фамилиями тюркского происхождения (ср. Караев, Токаев). Так «сын Еная» стал Енаевым.

Вторая, менее распространённая версия выводит фамилию от греческого имени Еней (Эней). Это имя носил легендарный троянский герой, который, по «Энеиде», основал Рим. В русских святцах имени Еней нет, но в южнославянских и греческих семьях оно встречалось. Попасть в русскую среду оно могло через греческих переселенцев или духовенство. Однако суффикс -ев для греческих фамилий нехарактерен: греческие заимствования чаще оформлялись через -ов (Енеов) или вообще без суффикса (Еней). Поэтому тюркская версия выглядит убедительнее.

География фамилии подтверждает тюркский след. Енаевы расселены в Поволжье — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области, а также в Чечне и Ингушетии. В чеченском языке есть имя Ена, от которого фамилия могла образоваться по местной модели (Ена + -ев). Встречается она и среди мордвы-эрзи, что объясняется многовековыми контактами с тюрками.

Сословный состав носителей пёстрый. В XIX веке Енаевы записаны и как государственные крестьяне (например, в Пензенской губернии), и как купцы (в Казани), и как казаки (в Оренбургском войске). Это говорит о том, что фамилия не была жёстко привязана к одному социальному слою — её носители занимались земледелием, торговлей и военной службой.

Фамилия редкая, но не уникальная: в России её носят около тысячи человек. В написании путаница почти не встречается — вариант «Енаева» для женщин и «Енаевы» для семьи. Двойных форм вроде «Енайкин» или «Енаевский» не зафиксировано, что тоже косвенно указывает на позднее и прямое оформление фамилии от личного имени.