Фамилия Енборисова — женская форма фамилии Енборисов, и её происхождение почти наверняка связано с тюркскими языками. Основа «ен» или «ян» в тюркских именах и прозвищах часто означает «душа» или «сторона», а «борис» может быть искажённым вариантом имени Борис, которое, в свою очередь, пришло из древнеболгарского и означает «борец» или «славный в бою». Однако более вероятно, что перед нами не прямое заимствование имени, а сложное прозвище, где «ен» — это указание на качество («душевный», «искренний»), а «борис» — уже русское имя, которое в тюркской среде могло звучать как «Борыс» или «Бориш». Таким образом, Енборис — это человек, которого прозвали «душа-Борис» или «Борис с доброй душой». Такая модель образования фамилий — из двух корней, один из которых тюркский, а другой славянский — встречается в пограничных регионах, где смешивались русские и татарские, башкирские или казахские роды.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: к основе мужского прозвища Енборис добавили суффикс -ов, а затем к мужской форме — окончание -а для женской. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Енборисов, то есть сын или потомок Енбориса. Фамилия редкая, и её география, скорее всего, узкая. Она могла закрепиться на Урале, в Поволжье или в Сибири — там, где русские переселенцы активно контактировали с тюркскими народами. В официальных документах XIX века носители такой фамилии могли числиться как государственные крестьяне или казаки, но точных данных о сословной принадлежности нет.

В отличие от многих фамилий на -ов, которые образованы от простых имён (Иванов, Петров), здесь мы видим двухчастную основу, что делает фамилию уникальной. Сравните с однокоренными Енбаевым или Янборисовым — там корень «ян» (душа) сочетается с тюркскими словами «бай» (богатый) или «борис». В случае с Енборисовой явно прослеживается попытка «обрусеть» через вставку знакомого имени, что характерно для периода, когда крещёные татары или башкиры принимали русские фамилии, но сохраняли в основе родовое прозвище. Спорной версией можно считать связь с болгарским именем Борис, где «ен» — это усечённое «Енчо» (уменьшительное от Иван), но это менее правдоподобно, так как в русской ономастике нет традиции склеивать два полных имени в одну фамилию без посредника-прозвища.