Фамилия Енеков — одна из тех, что ставят перед исследователем загадку уже на уровне корня. В ней нет привычного и очевидного «Иван» или «Пётр», поэтому разбирать её приходится по косвенным данным, привлекая диалекты, редкие имена и географию.

Словообразовательная модель здесь стандартна: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»). Основа — Енек. Это либо краткая форма личного имени, либо прозвище. Если отталкиваться от имени, то наиболее вероятная версия — производное от канонического имени Еней. В святцах такого имени нет, но в древнерусской (и шире — славянской) традиции оно бытовало как вариант имени Енея, которое, в свою очередь, восходит к библейскому Эней (в греческой передаче Aineias). Имя было известно на Руси, хоть и нечастотно. От него по той же модели, что и Петрушка — Петрушков, Еней — Енейко — Енейков. Со временем безударное ей могло редуцироваться до е, дав форму Енеков. Такой фонетический переход (стяжение) встречается в фамилиях, образованных от уменьшительных форм на -ейко, -ейка.

Другая, менее популярная, но правдоподобная версия выводит фамилию из прозвища. В южнорусских и украинских говорах слово «енек» могло означать «насмешник», «пересмешник» (от глагола «ениться» — кривляться, передразнивать). В таком случае фамилия — прямое указание на характер предка: «Енек» — тот, кто любил подшучивать или корчить рожи. Эта версия интересна тем, что объясняет отсутствие фамилии в списках дворянства и духовенства: прозвище явно не книжное, а бытовое.

География фамилии подсказывает, что она не была широко распространена. Основные очаги — южные регионы России (Воронежская, Ростовская области) и восток Украины. Именно там и могла смешаться традиция уменьшительных имён с местной диалектной лексикой. В центральных и северных губерниях фамилия почти не встречается, что подтверждает её локальный характер.

Таким образом, Енековы — это потомки человека, которого либо звали уменьшительно Енек (от редкого имени Еней), либо дразнили за весёлый нрав. Обе версии ведут в крестьянскую или мещанскую среду, где фамилии часто закреплялись не по отцу, а по уличному прозвищу или уменьшительной форме имени, данной в быту.