Фамилия Енекнко — редкий случай, где написание настолько нестандартно, что заставляет задуматься о его происхождении в первую очередь. Скорее всего, перед нами не исконно русская фамилия, а результат адаптации иноязычной основы под восточнославянские модели словообразования. Суффикс «-енко» — классический украинский или южнорусский патронимический формант, означающий «сын» или «потомок». Но вот корень «Енекн» — загадка.

Вероятнее всего, фамилия восходит к тюркскому или кавказскому имени Енек (или Энек). В тюркских языках «энек» может означать «мать» (в почтительном обращении), «кормилица». Однако для мужского прозвища это значение маловероятно. Более правдоподобна версия, что Енек — это вариант имени Инай, Эней или уменьшительная форма от мусульманского имени, например, от Ибрагим (через форму Инек). В таком случае фамилия Енекнко — патроним: «потомок Енека».

Есть и другая, более прозаичная гипотеза. Фамилия могла возникнуть из-за искажения при переписи или записи в документах. Исходная форма могла быть, скажем, Емельяненко, Ефименко или Евменко. В условиях неграмотности или плохого почерка писарь мог записать фамилию на слух, сократив или переставив звуки. «Енекнко» могло получиться из «Енекенко» (от имени Еней) или «Ененко» с вставным «к» для благозвучия.

Географически фамилия с таким корнем маловероятна для Центральной России. Её стоит искать на юге Украины, в Крыму, в Ростовской области или в Краснодарском крае — в зонах активных контактов славянского и тюркского населения. Носитель фамилии Енекнко, скорее всего, потомок человека, носившего прозвище или имя тюркского происхождения, которое затем оформилось по украинской модели. Сословная принадлежность могла быть любой: от казака до крестьянина, но чётких данных об этом нет.