Фамилия Ененко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко, которая означает «сын» или «потомок». В основе лежит имя Еня, которое в народном обиходе было сокращением сразу от двух крестильных имён: Евгений и Полиен.

Имя Евгений — одно из самых распространённых в православной традиции. Оно пришло из древнегреческого языка, где означало «благородный». Среди небесных покровителей этого имени — преподобный исповедник Евгений, память которого приходится на 4 марта. Вместе с преподобным Макарием он был пресвитером Антиохийской Церкви. В царствование Юлиана Отступника (361–363) святых привели на суд за отказ участвовать в языческих оргиях. Они безбоязненно обличили императора в отступничестве, за что были подвергнуты жестоким истязаниям, которые переносили с молитвой и духовной радостью. После мучений их отправили в ссылку в Оасим — оазис Аравийской пустыни. Местные жители предупредили святых, чтобы те немедленно уходили, потому что там обитает огромный змей. Мученики просили показать им это место, и по их молитве в пещеру ударила молния, испепелившая чудовище.

Имя Полиен встречается реже, но тоже дало свою ветвь производных форм. С древнегреческого оно переводится как «многохвальный». Его небесный покровитель — мученик Полиен, пострадавший за Христа во II веке. Вместе с Ермом и Серапионом он был брошен в темницу римлянами. Когда на допросе святые отказались принести жертву идолам и продолжали исповедовать веру во Христа, их стали волочить по тесным и непроходимым местам. Мученики скончались от ударов о камни и выступы, восприняв небесные венцы.

Именно от уменьшительной формы Еня (производной от обоих имён) и возникла фамилия. Суффикс -енко указывает на прямое родство: Ененко — это буквально «сын Ени». Такая модель была особенно популярна в Левобережной Украине и казацкой среде в XVI–XVII веках, где фамилии на -енко фиксировали принадлежность к роду, а не сословию. Поэтому предки Ененко могли быть и крестьянами, и казаками, и мещанами — суффикс не указывал на социальный статус, а лишь на происхождение от человека с именем Еня.