Фамилия Енченко — из тех, где за привычным звучанием прячется цепочка народных сокращений. В основе лежит крестильное имя Евгений (в переводе с греческого — «благородный»). В русском быту длинное имя быстро дробилось на ласковые варианты: Еня, Енюта, Енюша и, в том числе, Еник. Именно от формы Еник и пошла фамилия Енченко.

Модель образования здесь прозрачна: суффикс -енко (с ударением на втором слоге) типичен для украинской и южнорусской ономастики. Он означает «сын», «потомок» или «маленький». Таким образом, Енченко буквально понималось как «сын Еника» — то есть человека, которого в семье или в округе звали уменьшительным Еник. С течением времени прозвище закрепилось за детьми и стало наследственной фамилией.

Примечательно, что имя Евгений имеет и церковную глубину. Одним из покровителей считается священномученик Евгений, проповедовавший христианство в землях Северного Причерноморья — от Дуная до Днепра, включая Крым, и принявший мученическую смерть в IV веке в Херсонесе Таврическом. Но в фамилии Енченко эта связь уже не прямая, а опосредованная: имя святого дало бытовую форму, которая и стала фамильной.

Фамилия Енченко — не единственная в этом ряду. Родственные по основе: Енин, Енютин, Еников. Но именно суффикс -енко выдает южное происхождение рода. В документах XVII–XVIII веков такие фамилии часто встречаются среди казачества и крестьянства левобережной Украины. Носитель фамилии мог быть потомком человека по прозвищу Еник — либо по имени, либо по какой-то внешней или поведенческой черте, но в данном случае версия с именем Евгений выглядит наиболее убедительной.