Фамилия Емченко образована по распространённой восточнославянской модели с суффиксом -енко. В украинской и южнорусской традиции этот суффикс указывал на родство или принадлежность: Емченко — буквально «сын Емчи» или «потомок человека по прозвищу Емча». Таким образом, ядро фамилии — неканоническое прозвище Емча.

Скорее всего, прозвище Емча восходит к глаголу «емить» — «брать, собирать». Вероятно, так могли называть ростовщика или человека, сдававшего дом в аренду. Возможно, в его основе лежит слово «емь» — «сбор, подать, пошлина или взятка». В таком случае прозвище Емча получил сборщик податей или взяточник. Однако так называли и емкого, то есть рассудительного, умного, все понимающего человека, который за все берется с уменьем.

Прозвище Емча, изначально присоединенное к наследственному имени, со временем полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах. Суффикс -енко закрепил эту основу в форме фамилии, передав её следующим поколениям. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются в северных и центральных регионах, модель на -енко характерна для Украины и юга России, что указывает на возможную географию происхождения рода.