Фамилия Ененкова — редкий случай, когда в основе лежит не полное имя, а его ласкательная форма. Еня — это уменьшительно-обиходный вариант сразу двух крестильных имен: Евгений (с древнегреческого — «благородный») и Полиен («многохвальный»). Оба имени имеют за плечами историю мученичества: покровитель Евгения, пресвитер Антиохийской Церкви, пострадал при Юлиане Отступнике, а мученик Полиен вместе с Ермом и Серапионом принял смерть за веру во II веке.

На первый взгляд фамилия звучит как украинская из-за типичного суффикса -енко, который означает «маленький» или «сын». Ененко — это буквально «сын Ени». Однако здесь важна деталь, которую упускают в типовых разборах: суффикс -енко в украинской ономастике чаще образует фамилии от полных имен (Иван — Иваненко), а от кратких форм, таких как Еня, он встречается реже и может указывать на более северное, пограничное бытование. Скорее всего, фамилия возникла на стыке украинских и южнорусских земель, где прозвищные формы на -енко активно проникали в великорусскую среду.

Сама фамилия Ененкова — это отчество второго порядка: сначала от имени Еня образовали патроним Ененко (сын Ени), а уже от него — фамилию по женской линии Ененкова. Такая цепочка характерна для сословий, где фамилии закреплялись поздно и не через дворянские роды, а через бытовое именование по отцу и деду. Можно с уверенностью сказать, что основатель рода был человеком простого звания — крестьянином или ремесленником, чье имя в документах записывали не по полному святцу, а по домашнему обиходу.

Окончательно утверждать точное место и время возникновения рода Ененковых можно только после глубоких генеалогических изысканий, но уже сейчас ясно: фамилия хранит память о предке, которого в семье звали просто и тепло — Еня.