Фамилия Энерт — редкий пример фамилии, которая почти наверняка не имеет славянских корней. В русском ономастиконе она стоит особняком, и её происхождение нужно искать не в прозвищах или ремёслах, а в немецком языке.

Скорее всего, фамилия Энерт — это русифицированная форма немецкой фамилии Ehnert или Ehnert. В основе лежит немецкое личное имя Einhard, которое состоит из двух древневерхненемецких корней: ein (один, единый) и hart (сильный, твёрдый). Таким образом, имя Einhard означало «единственный и сильный» или «крепкий одиночка». Со временем имя превратилось в фамилию, а при переезде носителей в Российскую империю, особенно в Поволжье или Причерноморье, где были немецкие колонии, написание и произношение адаптировались: Ehnert превратилось в Энерт.

Суффиксальная модель в данном случае не работает по-русски: окончание -т — это часть немецкого корня, а не славянский суффикс. Поэтому фамилия Энерт не склоняется по падежам как типичная русская фамилия (например, «к Энерт», «с Энерт»), что тоже указывает на её иноязычное происхождение.

Географически фамилия Энерт в России встречается крайне редко и тяготеет к регионам, где исторически селились немецкие колонисты: Саратовская, Самарская области, а также Алтайский край. Встречаются и единичные носители в западных областях, куда фамилия могла попасть из Польши или Прибалтики.

Версия о том, что фамилия могла образоваться от русского слова «энергия» или от греческого «энергос» (деятельный), не выдерживает критики: такие искусственные фамилии в крестьянской среде не возникали, а дворянские роды с подобной основой в истории не зафиксированы. Поэтому наиболее правдоподобным остаётся немецкий след, связанный с переселенцами XVIII–XIX веков.