Фамилия Енейкина — женская форма фамилии Енейкин, а та, в свою очередь, образована от мужского имени или прозвища Енейка. Эта модель типична для русских фамилий на -ин, которые происходят от основ, оканчивающихся на -а или -я.

Основа Енейка представляет собой уменьшительно-ласкательную форму от крестильного имени Еней. Имя Еней — это народная, обиходная переработка канонического имени Иоанн (Иван). В диалектах и просторечии имя Иван давало множество вариантов: Ваня, Иваш, Иванко, а также Еней, Енюта, Еня. Такая трансформация, когда начальное «и» переходит в «е», а «ван» редуцируется до «н», встречается в северных и центральных русских говорах. Таким образом, Енейка — это то же, что Ваня, но в местном произношении.

По другой, менее вероятной версии, в основе лежит тюркское имя Еней, которое встречается у татар и башкир. Однако ареал бытования фамилии Енейкин (в основном средняя полоса России, Поволжье) и характерный суффикс -ин указывают скорее на славянскую, а не на татарскую модель образования. Если бы фамилия была тюркской по происхождению, она чаще имела бы окончание -ев или -ов.

Фамилия Енейкина — нечастая, но не уникальная. Географически она встречается в Нижегородской, Кировской областях и в Чувашии. Предок носителя этой фамилии, скорее всего, был простым крестьянином или ремесленником, которого в быту звали ласково Енейка, то есть по-деревенски — Иванушка. Фамилия закрепилась за его потомками в XVI–XVII веках, когда на Руси шёл массовый процесс оформления отчеств в наследственные фамилии.