Фамилия Енко звучит как типичное украинское образование — и это верная догадка. Суффикс -ко (в русской записи -енко) был одним из самых распространённых способов создать фамилию в Левобережной Украине, особенно на Полтавщине, Черниговщине и Харьковщине. В XVI–XVII веках он прирастал к именам, прозвищам и названиям занятий, обозначая «сына» или «потомка». Енко — это не исключение.

Основа Ен- восходит к уменьшительной форме крестильного имени. Скорее всего, перед нами производное от Иван (через народные варианты Ен, Ень, Йон). Иван — самое частое имя на Руси, и его уменьшительные версии дали тысячи фамилий: Иванов, Иваненко, Ванеев, а также Енко. Возможна и другая версия: основа от имени Еремей (через форму Еря, Енка) или от Геннадий (Гена → Енко), но она менее вероятна — Иван перекрывает всё по массовости.

В некоторых случаях фамилия могла возникнуть не от имени, а от прозвища. В украинских говорах «єн» или «єнчик» иногда называли человека с какой-то особенной чертой, но точного значения диалектного слова не сохранилось. Поэтому версия с крестильным именем остаётся основной и самой простой.

Географически фамилия Енко преимущественно украинская. Её носители встречаются в центральных и восточных областях Украины, а также в южных регионах России, куда переселялись крестьяне в XVIII–XIX веках. В белорусской ономастике суффикс -ко тоже есть, но для Беларуси более характерны формы с -енко, а не с усечённым -ко, так что украинское происхождение здесь первично.

Сословно Енко — фамилия, которая не указывает на дворянство или духовенство. Это типичная крестьянская или казацкая фамилия, каких тысячи. Никаких громких исторических родов за ней не числится, и это нормально: большинство русских и украинских фамилий именно такие — бытовые, из семьи, без гербов и титулов.