Фамилия Енсебаева — тюркская по происхождению, с характерной для казахской ономастики двухчастной структурой. Она распадается на основу «Енсе» и компонент «бай», который в тюркских языках традиционно означает «богатый», «господин», «хозяин» и часто указывал на знатное происхождение или зажиточность носителя. Таким образом, вторая часть фамилии прямо говорит о благополучии предка, его высоком социальном положении или состоятельности.

С первой частью, «Енсе», всё сложнее, и здесь возможны две основные версии. Согласно одной гипотезе, «Енсе» восходит к казахскому названию реки Енисей — «Еніс». Если это так, то основатель рода Енсебаевых мог быть зажиточным человеком, жившим на берегах Енисея и имевшим там своё дело, например, связанное с рыболовством, которым он успешно руководил. Фамилия в таком случае приобретает географическую привязку и указывает на место проживания или хозяйствования предка.

Другая версия относит «Енсе» к древним мужским именам, бытовавшим, в частности, среди казахского рода Аргын. Значение этого имени сегодня утрачено, но сам факт его существования — не редкость для тюркской антропонимии. Интересно, что родители могли давать такое имя ребёнку без вложения особого смысла, следуя древнему обычаю: считалось, что непонятное или незначительное имя запутает злых духов, которые не смогут распознать его и навредить малышу. В этом случае «бай» прибавлялось к имени и подчёркивало благополучие и знатность самого человека.

Формирование фамилий у разных народов шло неравномерно, и точное время возникновения рода Енсебаевых, как и место, где это произошло, можно установить только в ходе углублённых генеалогических изысканий. Ясно одно: фамилия образована по продуктивной модели, где к личному имени или прозвищу присоединялся титул или социальный маркер «бай», что и закрепилось в родовом имени.