Фамилия Енсебаева имеет сложную структуру и состоит из двух частей: «енсе» и «бай». Что касается основы «енсе», то о ее происхождении и значении нельзя сказать однозначно. Согласно одной из наиболее распространенных гипотез, «Енсе» восходит к казахскому названию Енисея – «Енic». Таким образом, учитывая значение второго компонента фамилии можно предположить, что основателем рода Енсебаевых был зажиточный человек, живший на Енисее, который имел свое дело, возможно, связанное с рыболовством, и успешно им руководил. Также возможно, что Енсе — это древнее мужское имя, идущее от казахского рода Аргын. К сожалению, значение этого имени утрачено. Но, возможно, родители, называя именем Енсе своего ребенка, умышленно не вкладывали в него особое значение, чтобы обмануть и запутать злых духов. Духи не могли распознать имя и навредить малышу. И компонент «бай» в этом случае просто указывает на благополучие человека, на его знатное происхождение. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Енсебаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.