Фамилия Енсепова — яркий пример азиатского по происхождению антропонима, который органично вписался в русскую словообразовательную модель. Её основа восходит к тюркскому (скорее всего, казахскому или башкирскому) имени Енсеп. В тюркских языках слово «енсеп» или «инсап» имеет значение «честность, совесть, справедливость». Таким образом, имя Енсеп давали как пожелание, чтобы человек рос порядочным и совестливым. Это так называемое «охранительное» или благопожелательное имя, характерное для доисламских и раннеисламских традиций народов Центральной Азии.

Фамилия образована по русской модели: к основе Енсеп- добавился суффикс -ов, а затем фамилия «обрусела» до формы Енсепова. Суффикс -ов/-ев в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?» — сын Енсепа). Окончание -а — это женская форма, но в русском языке фамилия склоняется по падежам, и в именительном падеже для женщины фиксируется именно такое написание. Для мужчины фамилия звучала бы как Енсепов.

Географически фамилия Енсепова встречается преимущественно в регионах с компактным проживанием казахов и башкир — в Оренбургской, Астраханской, Челябинской областях, а также в самом Казахстане. В русских переписных книгах и ревизских сказках XIX века такая фамилия почти не фиксируется, что говорит о её относительно позднем оформлении — скорее всего, в конце XIX — начале XX века, когда у кочевых народов начали массово появляться фамилии по отцу.

Редкость фамилии в том, что она сохранила архаичную тюркскую огласовку без тюркского аффикса принадлежности (-улы, -кызы). Вместо этого предки носителей фамилии выбрали русский патронимический суффикс, что делает Енсепову примером культурного и языкового контакта: кочевое имя обрело оседлую, письменную форму.