Фамилия Ёнуша — редкий случай, когда написание с буквой «ё» не факультативно, а принципиально. В русской ономастике фамилии на -уша чаще всего образуются от личных имён или прозвищ с помощью характерного уменьшительно-ласкательного суффикса. В данном случае основа — Ён-, а суффикс -уш- указывает на то, что фамилия произошла от домашней, обиходной формы какого-то имени. Самое правдоподобное объяснение: Ёнуша — это производное от крестильного имени Иоанн (в просторечии Иван). В южнославянских и западнорусских говорах начальное «И» могло переходить в «Ё»: Иван → Ёнка, Ёнуша. Таким образом, Ёнуша — это ласковое прозвище для человека по имени Иван, вроде Ванюши, но с местным фонетическим оттенком.

География фамилии подсказывает её происхождение. Фамилия Ёнуша встречается преимущественно в западных регионах бывшей Российской империи — в Беларуси и на западе России (Смоленская, Брянская области). Это зона, где были сильны польское и белорусское влияние на произношение. В белорусском языке аканье и яканье часто меняли гласные в начале слов, и форма «Ёнуша» могла закрепиться именно там. Фамилия не получила широкого распространения, осталась локальной, что типично для прозвищ, не связанных с ремеслом или сословием, а привязанных к одному роду.

Морфологически фамилия женского рода? Строго говоря, да. В русском языке фамилии на -а, -я обычно склоняются как существительные женского рода, независимо от пола носителя. Поэтому «Ёнуша» — это фамилия, которая не меняет окончание для мужчин и женщин: Иван Ёнуша, Мария Ёнуша. Такая модель (с окончанием -а) характерна для украинских, белорусских и польских фамилий, образованных от прозвищ. В официальных документах XIX века её могли записать как «Ёнуш» (по мужскому роду), но сохранившаяся форма с «а» на конце выдает именно западнорусское или белорусское происхождение рода.

Сравнение с однокоренными фамилиями подтверждает версию. Есть фамилии Ёнин, Ёнкин, Ёночкин — все они восходят к тому же имени Иван через форму Ёня. Но Ёнуша стоит особняком: суффикс -уш- (как в «дедушка», «бабушка») придаёт прозвищу оттенок нежности или, наоборот, снисходительности. В старину так могли назвать младшего сына в семье или человека с мягким характером. Спорных версий немного: иногда корень связывают с тюркским «ён» (десять) или финно-угорским «ён» (большой), но это натяжки — географическое распространение фамилии твёрдо указывает на славянскую, а не степную основу.