Фамилия Енутин образована от имени или прозвища Енута — уменьшительной формы канонического имени Иоанн (в русском быту — Иван). Такая модель встречается нечасто: суффикс -ут- (Енут-а) в русской антропонимии менее распространён, чем -уш- или -юш- (Иванушка, Ванюша), но встречается в северных и центральных говорах. Имя Енута фиксируется в документах XVI-XVII веков — например, в переписных книгах по Новгороду и Вятке. Фамилия закрепилась через патронимический суффикс -ин, который в русском языке указывает на принадлежность: «чей?» — Енутин, то есть сын Енуты.

Сложность в том, что в некоторых диалектах «енута» или «енутый» могло означать «изнеженный, капризный, привередливый» — от глагола «енутиться» (капризничать, ломаться). В ономастике не принято безоговорочно выводить фамилию из нарицательного слова, если есть прозрачная связь с крестильным именем, но для Енутина обе версии возможны: прозвище могло закрепиться за человеком с определённым характером, а потом перейти в фамилию. Правдоподобнее всё же первая, именная версия — она типична для русского фамильного фонда, где масса Ивановых, Ваниных, Ванютиных, Ванькиных и так далее.

Географически Енутины встречаются в основном в центральной России и Поволжье, особенно в Нижегородской и Владимирской областях. Встречается также вариант написания Енютин (через «ю») — это либо результат аканья на письме, либо иная словообразовательная ветвь от имени Енюта (от Еня, уменьшительного от Евгений или Еремей). Но Енутин — более редкая форма, и её носители, скорее всего, потомки одного рода, а не нескольких разрозненных семей.

Сословная принадлежность у Енутиных не прослеживается: фамилия встречается и среди крестьян, и среди мещан, и в духовенстве. В XIX веке в метрических книгах Костромской губернии попадаются священники Енутины, что подтверждает: фамилия не была привязана к одному социальному слою.