Фамилия Епископосов — редкий случай, когда в основе лежит не просто прозвище, а церковный сан, причём в греческой, а не в славянской форме. В отличие от привычных русских фамилий вроде «Попов» или «Дьяконов», здесь мы видим греческое слово «епископос» (ἐπίσκοπος — «надзиратель», «блюститель», церковный чин епископа). Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования: «чей?» — «сын Епископоса» или «человек из семьи Епископосовых».

Самый вероятный путь появления фамилии — семинарский или академический. В духовных училищах и семинариях XVIII–XIX веков ученикам нередко давали фамилии по церковным праздникам, именам святых или по греческим корням, чтобы придать будущему священнику «учёное» звучание. «Епископосов» мог получить сын дьячка или пономаря, которого записали с намёком на высокий сан — возможно, в шутку или как «говорящую» фамилию, подчёркивающую будущее служение. Альтернативная, но менее вероятная версия — происхождение от прозвища Епископос, которое могли дать человеку за важную осанку, властный нрав или за то, что он когда-то служил в греческой церковной среде.

С точки зрения географии, фамилия почти наверняка тяготеет к южнорусским или украинским губерниям, где греческое влияние в православной традиции было сильнее, а также к регионам с развитой семинарской сетью (Киев, Харьков, Екатеринослав). В отличие от массовых фамилий на -ов, Епископосов — штучный экземпляр: носителей крайне мало, и в списках дворянства или купечества она не встречается, что подтверждает её позднее, «искусственное» происхождение из духовного сословия.

Сравнение с однокоренными вариантами — Епископов, Архиепископов — показывает, что именно греческая огласовка «Епископосов» выдаёт книжное, а не бытовое происхождение. Если бы фамилия родилась в народе из прозвища, она, скорее всего, звучала бы как «Епископов» или «Пискунов» (от искажённого «пископ»). Таким образом, Епископосов — это след русской духовной школы, где греческий язык считался языком богословия, а фамилии становились своеобразными дипломами об образовании.