Фамилия Ептышев — редкий пример, где основа настолько тёмная, что даже опытный ономаст не даст одного гарантированного ответа. Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ев указывает на русскую фамилию, образованную от прозвища или имени, оканчивающегося на мягкий согласный или -й. Вопрос упирается в корень «Ептыш».

Самый вероятный путь — искажение или диалектный вариант прозвища, связанного с глаголом «ептыть» или «епти». В некоторых южнорусских и украинских говорах так могли называть человека с невнятной, быстрой речью, бормочущего себе под нос. В этом случае Ептыш — прозвище, которое дали болтливому или, наоборот, неразборчиво говорящему человеку. Подобная модель встречается у фамилий Болтунов, Говорухин, Шептунов, но с более редким корнем.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с тюркским именем Ептыш (вариант Епкеш), которое могло попасть в русскую среду через татар или башкир. В таком случае основа восходит к слову «иптәш» (товарищ, спутник). Однако для этой версии фамилия должна была бы чаще встречаться в Поволжье или на Урале, а не в центральных областях, где фиксируются ранние носители Ептышевых.

В метрических книгах XIX века Ептышевы встречаются в основном в Симбирской и Казанской губерниях, что склоняет чашу весов к тюркскому следу, но с оговоркой: фамилия могла русифицироваться через суффикс -ев, потеряв исходное тюркское окончание. Спор между версиями остаётся открытым, так как ни одна не подтверждена прямыми письменными источниками. Единственное, что можно сказать наверняка: Ептышев — не дворянская и не купеческая фамилия, а крестьянская или мещанская, что сужает круг поисков предков до податных сословий.