Фамилия Епутатов — это не самостоятельное древнее прозвище, а фонетический «близнец» более распространённой фамилии Депутатов. Разница всего в одной букве: начальное «д» отпало под влиянием просторечного произношения. В народе слово «депутат» нередко звучало как «епутат» — так и прозвище Епутат закрепилось за человеком, а затем превратилось в фамилию.

Прозвище Депутат, от которого всё пошло, имело в старину конкретный смысл. Депутатом называли не члена парламента (это значение появилось позже), а выборного или поверенного — человека, которого община или правительство отправляли с поручением: наблюдать за ходом дела, принести просьбу, поздравление или благодарность. То есть основатель рода с такой фамилией мог быть уважаемым общественным деятелем, ходоком от крестьян или мелким чиновником.

Однако есть и другая версия, не менее вероятная. Фамилию Депутатов (а значит, и Епутатов) мог получить не сын депутата, а его работник — батрак или крепостной. При регистрации таких людей записывали как «депутатовых», то есть принадлежащих депутату. В этом случае фамилия указывает не на род занятий предка, а на его социальный статус: он был чьим-то человеком.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность (чей? — Епутатов). Основа — прозвище Епутат, которое, в свою очередь, является усечённой формой от «депутат». Подобные фонетические потери начальных согласных встречаются в русских фамилиях нередко: например, Листратов от Евстрат или просторечное «Лазарь» вместо «Елеазар».

Фамилия редкая, с чёткой региональной привязкой её не проследить — носители встречаются точечно. Но само её существование — хороший пример того, как живая устная речь меняла официальные записи: писарь фиксировал фамилию так, как слышал, а не так, как было в исходном варианте.