Фамилия Епутатова — яркий пример того, как устная речь меняет облик письменного слова. Скорее всего, это не самостоятельная фамилия, а фонетический вариант более распространенной фамилии Депутатов. В русских говорах начальное «д» нередко выпадало или приглушалось, особенно в быстрой речи, так что «депутат» превращался в «епутат». Это просторечное прозвище и закрепилось в основе фамилии.

Прозвище Депутат (а значит, и Епутат) в старину имело конкретный социальный смысл. Так называли выборного человека — поверенного от правительства или от общины, которого посылали с ходатайством, для наблюдения за ходом дела, для принесения поздравления или благодарности. То есть это был не столько современный парламентарий, сколько уполномоченный представитель, ходок по делам. Соответственно, фамилия Депутатов могла указывать на род занятий или общественное положение основателя рода.

Однако есть и другая версия, не менее правдоподобная. Фамилию Депутатов мог получить не сын депутата, а его работник — батрак или крепостной крестьянин. При регистрации такого человека могли записать как «депутатов», то есть принадлежащего депутату. В таком случае фамилия указывает не на профессию предка, а на его социальный статус (был чьим-то человеком). Обе версии имеют право на существование, и без точных генеалогических данных выбрать между ними сложно.

Сама фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Епутатов, то есть сын или потомок Епутата. Это одна из самых распространенных моделей русских фамилий, что говорит о её укоренении в крестьянской или мещанской среде. Фамилия недворянская, без суффикса -ский, что подтверждает её простонародное происхождение.