Фамилия Ердеков — редкий случай, когда корень слова почти наверняка тюркский, а суффикс — чисто русский, причем не самый распространенный. Основа «ердек» восходит к тюркскому слову, которое в разных языках (татарском, башкирском, казахском) звучит как «ирдәк» или «ердәк» и означает «селезень». Прозвище Селезень давали человеку либо за внешнее сходство (например, за длинную шею или манеру ходить вразвалку), либо за бойкий, задиристый нрав — селезни на птичьем дворе известны своей драчливостью.

Модель образования фамилии необычна. Если бы прозвище звучало как Ердак, фамилия была бы Ердаков. Но мы видим суффикс -ек, который в тюркских языках часто придает слову уменьшительное или ласкательное значение. То есть Ердек — это, возможно, не просто селезень, а «селезенёк», «селезнишка». Соответственно, Ердеков — «сын того, кого называли Селезеньком». Такая форма с -ек в основе типична для тюркских прозвищ, которые потом русифицировались с помощью фамильного суффикса -ов.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью, особенно к Башкортостану и Татарстану. Там же встречаются однокоренные фамилии Ердаков и Ердяков, но Ердеков — самая редкая и, судя по форме, самая старая по происхождению: она сохранила исходное тюркское слово почти без изменений. Встречается также вариант с ударением на первый слог — Е́рдеков, что подтверждает тюркскую интонацию, где ударение обычно падает на корень.

Сословного барьера у фамилии не было. Ердековыми могли быть и крестьяне, и служилые татары, и казаки. В старых метрических книгах Оренбургской и Уфимской губерний эта фамилия встречается с середины XVIII века, причем записывали её и за русскими, и за крещеными татарами. Сейчас носителей немного, и фамилия остаётся локальной — она почти не вышла за пределы исторического региона расселения тюркских народов, что делает её хорошим маркером родовых корней в южном Приуралье.