Фамилия Эркес — редкая для России и звучит как инородное вкрапление. Её основа не славянская, а, скорее всего, немецкая или голландская. В этом её главная особенность: перед нами не адаптированная через суффиксы фамилия (как Эркесов или Эркесин), а сохранённая в исходном виде. Такое часто случалось с фамилиями иностранцев, которые переселялись в Российскую империю в XVIII–XIX веках и оставались в документах без русификации.

Словообразовательная модель здесь проста: фамилия образована от личного имени или прозвища Эрке. В германских языках это может быть уменьшительная форма от имени Эркенберт или Эркенхард, где корень «erkan» означает «чистый», «настоящий», «священный». В нидерландском языке встречается фамилия Erkens, которая тоже восходит к этому корню. Таким образом, Эркес — это патроним, отвечающий на вопрос «чей?»: сын Эрке, потомок человека с таким именем.

Географически фамилия могла закрепиться в Поволжье, на юге Украины или в Прибалтике — регионах, куда приглашали немецких колонистов. Встречается она и у евреев-ашкеназов, но там написание чаще всего было бы Эркес или Эркесс, с ударением на последний слог, и восходило бы к идишскому имени Эрк (от Герш, уменьшительное от Гершон).

Спорных версий здесь немного. Соблазнительно связать фамилию с тюркским словом «эркеш» (козлёнок) или с греческим «эркес» (забор), но лингвистически это слабо: фамилия не имеет характерных для этих языков суффиксов и не фиксируется в татарских или греческих ономастиконах. Наиболее правдоподобно — германское происхождение, подтверждённое и структурой, и историей миграций.

Носители фамилии Эркес в дореволюционной России были, как правило, людьми не из крестьян: либо городские жители, либо колонисты-ремесленники. Сословная принадлежность могла быть разной — от мещан до обрусевших дворян немецкого происхождения, но массового распространения фамилия не получила. Сегодня она остаётся штучной, и каждый её обладатель может с высокой вероятностью проследить свои корни до конкретного немецкого или голландского предка, приехавшего в Россию по приглашению Екатерины II или в более поздние времена.