Фамилия Эркер — редкий случай в русском ономастиконе. Она явно не славянского корня, и её происхождение почти наверняка связано с немецким языком. Прозрачная основа — немецкое слово Erker, которое означает «эркер»: выступающая часть здания с окнами, ниша, фонарь. Но вряд ли предок был архитектором или строителем: прозвище по такому сложному термину маловероятно. Скорее всего, фамилия образована от топонима — названия населённого пункта Эркер (Erker) или Эркерс (Erkers), которых несколько в Германии и Австрии. В таком случае предок переселился в Россию из места, которое обозначалось как «эркер» — возможно, от средневерхненемецкого erker, что также значило «выступ» или «балкон», но в качестве названия хутора или усадьбы.

Другая, менее вероятная версия — связь с нижненемецким диалектным словом erker в значении «клён» или «вяз». Тогда прозвище мог получить человек, живший у заметного дерева, но это предположение слабое: фиксаций такого значения в письменных источниках почти нет.

Фамилия Эркер в России — типичный пример «немецкого следа». Она могла появиться у поволжских немцев, переселившихся при Екатерине II, или у остзейских немцев из Прибалтики. Суффикса нет — фамилия осталась в чистом виде, без русификации, что указывает на её позднее закрепление в документах, уже в XIX веке. Встречается она крайне редко, в основном на юге России и в Сибири, куда немцев высылали в годы войн. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» эта фамилия не упоминается — её нет в основном массиве русских родовых имён.

Таким образом, основная гипотеза: фамилия Эркер — немецкая, топонимическая, указывающая на выходца из места с таким названием. Владельцы фамилии — потомки немецких колонистов, сохранивших исходное написание без адаптации.