Фамилия Эркинов — редкий пример тюркской фамилии, которая органично вписалась в русскую ономастическую модель. Она образована по типичному для русских фамилий патронимическому суффиксу -ов, который присоединили к тюркскому личному имени Эркин. В отличие от многих фамилий, где суффикс указывает на отчество («чей сын?»), здесь он просто русифицировал иноязычную основу для включения в документооборот Российской империи.

Основа фамилии восходит к тюркскому слову «эркин», которое в разных языках (узбекском, киргизском, казахском, татарском) означает «свободный», «независимый», «вольный». В дореволюционной Средней Азии это имя нередко давали мальчикам в семьях, не находившихся в личной зависимости, — как символическое пожелание свободной судьбы. Также имя Эркин могло быть частью двусоставных антропонимов (например, Эркинбай).

Географически фамилия Эркинов наиболее типична для Узбекистана и Таджикистана, реже встречается у казахов и киргизов. В русской среде она почти не бытует — носители, как правило, потомки выходцев из Средней Азии, которые получили фамилию при советской паспортизации 1920–1930-х годов. Именно тогда местным жителям массово записывали фамилии по имени отца с добавлением русского суффикса, что и объясняет форму «Эркинов» вместо тюркского «Эркин» или «Эркиноглы».

Встречается и альтернативная версия происхождения — от топонима Эркин (название нескольких кишлаков в Ферганской долине). В этом случае фамилия указывала бы не на личное имя, а на место рождения или проживания предка. Однако эта гипотеза менее убедительна: в Средней Азии фамилии от названий поселений встречаются реже, чем от имён.

С точки зрения словообразования фамилия проста: корень «эркин» плюс суффикс -ов. Ударение в русском произношении чаще падает на второй слог — ЭркИнов, хотя в тюркских языках ударение обычно на последнем слоге. При склонении фамилия ведёт себя как обычное русское прилагательное: Эркинова, Эркинову, Эркиновым.