Фамилия Эркина — одна из тех, где внешняя простота обманчива, а происхождение уходит в толщу разных языков. В русском контексте она почти всегда женская: это форма фамилии Эркин, образованная по модели «чей?» — Эркина жена, дочь. Но мужской вариант Эркин встречается редко и несёт основную смысловую нагрузку.

Корень фамилии — тюркский. Слово «эркин» (erkin) в тюркских языках, особенно в татарском, башкирском, казахском и узбекском, означает «свободный», «независимый», «вольный». В древности это могло быть личное имя-пожелание: родители называли сына Эркином, желая ему свободной и самостоятельной жизни. Позже от этого имени через притяжательный суффикс -ин образовалась фамилия: Эркин → сын Эркина → Эркин. В русскую традицию она попала при оформлении документов в XIX веке, когда крестьянам и мещанам нерусского происхождения давали фамилии по отцу.

Есть и другой, менее очевидный путь. В некоторых тюркских диалектах «эркин» может быть формой слова «иркен» — «широкий», «просторный». Тогда фамилия могла закрепиться за человеком, жившим на широком, открытом месте, или за тем, кого прозвали за размах в делах. Спор между этими версиями решается в пользу имени-прозвища: фамилии на -ин от личных имён в тюркской среде гораздо массовее, чем от географических прозвищ.

Географически фамилия Эркина (и Эркин) распространена в Поволжье, на Урале и в Средней Азии — там, где исторически сильны татарские и башкирские общины. Встречается она и у калмыков, но там корень может быть иным: в калмыцком «эркн» — «губа», и фамилия могла возникнуть как прозвище по внешности. Однако эта версия менее вероятна: суффикс -ин в калмыцких фамилиях редок, а в русской записи «Эркина» скорее выдаёт тюркскую основу.

Словообразовательная модель проста: к корню «эрк» добавлен тюркский аффикс -ин, образующий притяжательную форму, а затем русский суффикс -а для женского рода. Фамилия не получила широкого сословного распространения — она осталась в среде крестьян и мещан, что типично для поздних искусственных фамилий нерусского населения Российской империи.