Фамилия Ермаченков образована от имени Ермак — народной формы крестильного имени Ермолай. В переводе с греческого Ермолай означает «вестник народа». Покровителем имени считается священномученик Ермолай, обезглавленный в IV веке за проповедь христианства. На Руси с этим днём связывали примету: если в Ермолаев день муравьи увеличивают муравейники, зима будет холодной.

Словообразовательная модель здесь — суффикс -енков, характерный для фамилий центральных и южных областей России, в частности Тульской, Орловской, Рязанской губерний. Суффикс -енков указывает на родство: Ермаченков — потомок Ермака. Вариант с -енков, а не с -ов или -ев, делает фамилию регионально узнаваемой. В северных и северо-восточных землях чаще встречался бы Ермаков, тогда как Ермаченков закреплён в зоне так называемых «полуотчеств» на -енков.

Существует и вторая версия происхождения: прозвище Ермак могло восходить к нарицательному слову. В сибирских говорах ермаком называли малый жернов для ручных крестьянских мельниц. Если это так, фамилия могла указывать на профессию предка-мельника. Эта версия менее правдоподобна, поскольку основная масса фамилий на -енков всё же образуется от имён, а не от названий предметов. К тому же ареал бытования фамилии — не Сибирь, а среднерусская полоса, что делает «жерновную» гипотезу ещё более шаткой.

Таким образом, Ермаченков — это фамилия-отчество, прямо указывающая на предка по имени Ермак, то есть Ермолай. Региональная привязка к южнорусским землям и характерный суффикс — вот что отличает её от более распространённой фамилии Ермаков.