Фамилия Ермайкины образована от имени или прозвища Ермайка. В основе лежит каноническое имя Ермолай, которое в русской народной традиции сократили до Ермай — по той же модели, что Ермил превращался в Ермилку, а Ермолай — в Ермошку. Суффикс -ай в таких именах характерен для просторечных, обиходных форм: он придавал имени ласкательный или уменьшительный оттенок, но без фамильярности.

Фамилия стоит в форме притяжательного прилагательного с суффиксом -ин, что типично для русских фамилий, образованных от имён на -а/-я: Ермайка → Ермайкин, то есть «сын Ермайки». Такая модель — одна из древнейших в русской ономастике, и она широко представлена у восточных, западных и южных славян. Поэтому фамилия Ермайкин — не случайный, а системный элемент славянской антропонимии, памятник народной словообразовательной культуры.

Имя Ермолай, от которого всё пошло, греческого происхождения: «народ Гермеса» (бог торговли и вестник богов). В святцах оно закрепилось благодаря святому Ермолаю Никомидийскому, почитаемому в православии. Однако в быту греческая основа быстро стёрлась: для крестьянина или ремесленника Ермайка было просто привычным, «своим» именем, без отсылки к античной мифологии.

Регионально фамилия Ермайкины встречается в Поволжье и на Урале, но не имеет узкой локализации — это объясняется тем, что имя Ермолай было распространено повсеместно. Встречаются варианты написания: Ермайкин и Ермайкины (последнее — форма множественного числа, указывающая на род в целом). В документах XVII–XVIII веков такие фамилии фиксировались у крестьян и посадских людей, реже — у служилых.

Версия о происхождении от тюркского корня (например, от «ермак» — «разбойник» или «ирмак» — «река») маловероятна: суффикс -ай и модель на -ин однозначно указывают на славянскую, а не тюркскую основу. Если бы фамилия была тюркской, она скорее приняла бы форму Ермаков или Ермаковы.

Окончательно говорить о точном времени и месте возникновения фамилии Ермайкины можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований: переписных книг, ревизских сказок, метрических записей. Но уже сейчас ясно: предки современных Ермайкиных носили простое имя Ермайка, за которым стоял полный церковный Ермолай, и жили, скорее всего, в среде крестьян или посадских людей центральной России или Поволжья.