Фамилия Эртуганова — женская форма фамилии Эртуганов, и её разбор стоит начать с редкого тюркского корня. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов, образованных от крестильных имён или славянских прозвищ, Эртуганова явно восходит к доисламскому или раннемусульманскому тюркскому имени Эртуган (вариант — Эртугъан).

Основа «Эртуган» составная: «эр» (тюрк. «мужчина», «богатырь», «герой») и «туган» (тюрк. «рождённый», «родной»). В буквальном прочтении имя означает «рождённый героем» или «мужественный от рождения». Это типичное для тюркской антропонимии имя-пожелание, которое давали мальчику, чтобы он вырос сильным и смелым. Схожие по модели имена — Туран, Туганбай, Эркин.

Фамилия Эртуганов (а значит, и Эртуганова) закрепилась в среде татар, башкир или ногайцев, где были распространены подобные именования. В русскую фамильную систему она вошла через суффикс -ов, который присоединялся к основе на согласный, что стандартно для фамилий тюркского происхождения в России. Географически фамилия встречается в Поволжье, особенно в Татарстане и Башкортостане, а также среди астраханских татар.

Стоит отметить, что в написании «Эртуганова» начальное «Э» — признак того, что имя не прошло через длительное бытование в русской устной речи, где его могли бы заменить на «Е» (как, например, Ертуганов). Сохранение «Э» указывает на относительно позднюю фиксацию фамилии в документах или на сознательное удержание исходного звучания носителями. Встречается вариант Ертуганов, но он менее точен с точки зрения тюркской этимологии.

О социальном статусе первых носителей судить сложно: Эртугановы могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми (например, толмачами, казаками) из тюркской среды, принявшими фамилию по отцу после переписи. Фамилия не указывает на аристократическое происхождение, но и не свидетельствует о низком положении — она просто фиксирует имя родоначальника, которое в его время было личным и полным достоинства.